PDIPAN prowadzi działania na rzecz podnoszenia jakości kształcenia doktorantów, inicjuje dialog z przedstawicielami administracji publicznej oraz instytucji naukowych, przygotowuje stanowiska i rekomendacje dotyczące zmian w szkolnictwie wyższym i nauce, a także organizuje wydarzenia integracyjne, szkoleniowe i naukowe. Jednym z flagowych przedsięwzięć Porozumienia jest ogólnopolska konferencja KonDokPAN, stanowiąca przestrzeń wymiany doświadczeń i prezentacji badań prowadzonych przez doktorantów instytutów PAN.

Obecnie Porozumienie aktywnie współpracuje z krajowymi organizacjami reprezentującymi doktorantów, w tym z Doktoranckim Forum Uniwersytetów Polskich, Krajową Reprezentacją Doktorantów oraz innymi porozumieniami środowiskowymi, realizując wspólne inicjatywy i podejmując działania na rzecz integracji całego środowiska doktoranckiego. Przedstawiciele PDIPAN regularnie uczestniczą w konferencjach, debatach i webinarach jako eksperci, dzieląc się doświadczeniami dotyczącymi funkcjonowania szkół doktorskich, różnych modeli kształcenia doktorantów oraz wyzwań stojących przed młodymi naukowcami. W ostatnim czasie przedstawiciele Porozumienia wzięli udział m.in. w webinarze „Doktorat bez filtrów” organizowanym w ramach cyklu DFUP Discovery Days, poświęconym porównaniu doktoratu realizowanego na uczelniach, w instytutach PAN oraz w trybie eksternistycznym, a także w debacie DFUP dotyczącej oceny działalności społecznej doktorantów.

Porozumienie aktywnie angażuje się również w działania rzecznicze na rzecz polskiej nauki. Przedstawiciele PDIPAN uczestniczyli w ogólnopolskiej inicjatywie „3% PKB na naukę”, wspierając postulaty zwiększenia finansowania badań naukowych i szkolnictwa wyższego oraz podkreślając znaczenie stabilnego systemu wsparcia dla młodych naukowców.